Η Βόνιτσα βρίσκεται στις παρυφές του υδροβιότοπου του Αμβρακικού που είναι κιβωτός ζωής για πουλιά και ψάρια. Ο υδροβιότοπος του Αμβρακικού είναι ο μεγαλύτερος σε έκταση στην Ελλάδα και ένας απ’ τους σημαντικότερους υγρότοπους της Μεσογείου καθώς αποτελεί καταφύγιο σπάνιων πουλιών. Χαλκόκοτες, πετροχελίδονα, ήταυροι, αγριόκυκνοι και λευκοτσικνιάδες «αλιεύουν» εδώ, ενώ τις εντυπώσεις κλέβει ο αργυροπελεκάνος με το χαρακτηριστικό κατακόκκινο διαστελλόμενο σάκο κάτω από το ράμφος του.

Από υψηλή βιοποικιλότητα χαρακτηρίζεται και η ιχθυοπανίδα των υδάτων του Αμβρακικού περιλαμβάνοντας είδη όπως συναγρίδες, χάβαρα, λιθρίνια, σαρδέλες, καραβίδες και σαργούς. Αξίζει να βρεθεί κανείς εδώ νωρίς το πρωί ή το δειλινό, τότε που η χρωματική ομορφιά της φύσης αντανακλάται στον υγρό καθρέφτη.

Λιμνοθάλασσα Λιμένι

Καταλαμβάνει μια έκταση 500 στρεμμάτων, φιλοξενεί παρυδάτια πουλιά και εδώ βρίσκεται και ο Ιστορικός Ναός της Κοιμήσεως της Θεοτόκου (Παναγούλα).

Λίμνη Βουλκαριά ή «Μυρτούνιον» κατά το Στράβωνα

Στο βορειοδυτικό άκρο της Αιτωλοακαρνανίας βρίσκεται η προστατευόμενη από τη συνθήκη Ραμσάρ, λίμνη Βουλκαριά, που συνδέεται μέσω μιας στενής διώρυγας με τη θάλασσα. Περιστοιχίζεται από πυκνές συστάδες καλαμιών στις οποίες φωλιάζουν αναρίθμητα είδη υδρόβιων πουλιών.Σύμφωνα με το θρύλο, από εδώ πέρασε η Κλεοπάτρα με το στόλο της διωκόμενη από τους Ρωμαίους μετά την ήττα της Ναυμαχίας του Ακτίου και σώθηκε χάρη στη ρηχότητα της λίμνης. Η επωνυμία «Μόλος της Κλεοπάτρας» διατηρείται μέχρι σήμερα ως ανάμνηση του περάσματός της. Φημίζεται δε η περιοχή για τα χέλια της.

Λίμνη Σαλτίνη

Αν και δε συνδέεται με τη λίμνη Βουλκαριά, αυτές οι δυο αποτελούν ενιαίο βιότοπο λόγω της εγγύτητας τους. Έχει οριοθετηθεί ως υγροβιότοπος μέσω του προγράμματος NATURA 2000, είναι αβαθής, με υφάλμυρο νερό και χρησιμοποιείται κυρίως για αλιεία. Αποτελεί σημαντικό σταθμό για μεταναστευτικά πουλιά όπως η Πετρολίδα, η Γαλιάντρα, το Ποταμογλάρονο και ο Ντουλαπάρης ενώ στη νότια πλευρά της υπάρχει τεχνητό κανάλι που τη συνδέει με το Ιόνιο.